Рођен је у Новом Саду 06. децембра 1833. године у угледној грађанској породици. Основну школу и прва два разреда гимназије завршио је у Новом Саду, да би школовање наставио у Халашу од 1847. године, да би се 1849. године вратио у Нови Сад. Од 1850. године студира филозофију на лицеју у Пожуну (Братислави), а већ 1851. године уписује ванредно права у Бечу где су тада боравили Бранко Радичевић, Ђура Даничић, Светозар Миетић, Ђура Јакшић, Михајло Полит Десанчић и други. Студије права није завршио већ је мењао факултете студиравши и у Будимпешти, Прагу и потом опет у Будимпешти, коју је напустио 1857. године после смрти оца Павла. Оженио се са Еуфросином Ружом Личанин 1862,. године са којом је имао петоро деце која су сва кратко поживела. У Будимпешту се враћа 1863. године као надстојник Текелијанума и ту завршава студије медицине 1870. године. По завршетку студија радио је кратко у Карановцу (Краљево), а потом и у Панчеву где ми је преминула супруга 1872. године. Потом често мења место боравка, а од 1878. године ради као драматург Народног позоришта у Београду, а потом од 1880. године живи у Бечу где је отворио приватну лекарску праксу. Од 1897. године живи у Загребу, а од 1901. године па све до смрти 14. јуна 1904. године у Сремској Каменици.
За почетак Змајевог књижевног рада узима се 1852. година када је објавио песми "Пролетно јутро" у "Летопису Матице српске". Прва објављена књига му је превод песама мађарског песника Ј. Арања. Од 1858. године редовно објављује поезију, приповетке и преводе у књижевној периодици. За књижевни рад је дибио и низ признања као што су златно перо 1866.године, а већ следеће је именован за спољног члана Кишфалудијевог друштва з знак признања за преводе мађарске поезије на српски. Народна скупштина Краљевине Србије доделила му је доживотну апанажу 1892. године у знак признања, а 1896. године постаје и редовни члан СКА.
Поред књижевног рада активан је био и у политици где је заступао полиику националног ослобођења Срба од аустријске и турске власти., али је заступао и идеју српско-хрватске сарадње и остваривања јужнословенске еманципације. Није се слагао са политиком династије Обреновића у Србији где је заговарао већу демократизацију друштва и активније деловање у корист националног ослобођења. Активно је наступао у оквиру Српске народне слободоумне странке Светозара Милетића, а од 1885. године прилази струји Јаше Томића. Као члан Томићеве Српске народне радикалне странке биран за посланика на црквено-народним саборима 1885. и 1902. године.
Током целе каријере бавио се и уредништвом и покренуо је чита низ часописа и листова. Прво је са Ђорђем Рајковићем покренуо лист "Комарац" 1861. године и који је излазио све до 1869. године. Потом је покренуо и књижевни лист "Јавор" 1862. године и у које су сарадници били Лаза Костић, Дура Јакшић, Јаков Игњатовић, Стојан Новаковић и др. али је овај лист излазио свега годину дана. Рад "Јавора" обновљен је 1874. године. Покренуо је 1864. године и сатирични лист "Змај" који је излазио до 1871. и по којем је добио и надимак. За наставак листа "Змај" узима се сатирични лист "Жижа" који је покренуо 1871. године и који је излазио све до 1874. године. Последњи сатирични лист који је издавао је "Стармали" који је излазио до 1878. па до 1889. године. Ипак његов најзначајнији и најпознатији лист је "Невен" лист за децу који је излазио од 1880. па све до 1904. године.
У листовима које је издавао објављивао је своја дела поезију, приповетке, преводе са мађарског и немачког, књижевне коментаре, политичке чланке и слично. Многа дела су му објављена непотписана, док је за друга установљено преко 500 разних псеудонима и шифара које је користио.
Јован Јовановић Змај се сматра једним од највећих песника српске књижевности.