Политичар, председник владе Србије, академик, дипломата, филолог, историчар, књижевник, историчар књижевности, библиотекар, правник, хералдичар, председник Српске краљевске академије.
Рођен је као Коста, али је касније своје име посрбио у Стојан. Основну школу и нижу гимназију завршио је у Шапцу 1857. године, а гимназију је завршио 1860. у Београду. Лицеј (одсек за правне науке) завршава три године касније. Основао је 1865. часопис „Вила“ и уређивао га све време његовог излажења, тј. до 1868. Новаковић је 1865. постављен за суплента, а следеће године за професора гимназије. Изабран је за члана Српског ученог друштва 1865. Био је управник Народне библиотеке у Београду у периоду 1869—1874, с прекидима. Успео је да се законом из 1870. обезбеде за Библиотеку три обавезна примерка и да се помогне развој школских и народних библиотека у унутрашњости. Његовом заслугом донет је 1881. закон о Народној библиотеци и Народном музеју. Професор Велике школе постаје 1872. године. Од самог почетка излажења он је прикупљао и објављивао информације о књигама објављеним на српском и хрватском језику, или на другим језицима о српском народу или уопште о Словенима. Сву сакупљену грађу о томе објавио је у књизи „Српска библиографија за нову књижевност 1741—1867“, Српско учено друштво, Београд 1869. . Библиографије је касније објављивао за сваку годину посебно од 1868. до 1876. (девет година) у Гласнику Српског ученог друштва. Ово су биле прве библиографије за књиге на српском језику и од огромног значаја за каснија истраживања. Крајем седамдесетих година 19. века написао је Српску граматику за ниже гимназије и реалке (у више делова, неколико издања). Приликом оснивања Српске књижевне задруге 1892. изабран је за њеног првог председника. Новаковић је дуги низ година био председник Српске књижевне задруге, утицајне националне установе, које је у редовним годишњим колима објављивала најбоља дела из српске и преводне књижевности, историје и научно-популарне литературе. Приредио је Душанов законик („Законик Стефана Душана цара српског“) на основу призренског преписа и штампао га 1870. и 1898. у Београду. Био је члан првог Одбора Задужбине Николе Чупића. Ова Задужбина је настала 1871. после смрти Николе Чупића (1836—1870), Стојан Новаковић је био једно време њен секретар и четири године председник. Године 1877, одлучено је да Задужбина издаје једном годишње свој часопис који се звао „Годишњица Николе Чупића“, а где је је и Стојан Новаковић објавио велики број својих радова. Бавио се и превођењем,.
Већ 1873. именован је за министра просвете у влади Јована Ристића, да би у том ресору био укупно у три мандата (1873—1875. и 1880—1885), у конзервативним и доцније напредњачким владама. Као министар просвете спровео је реформу средњег образовања чије тековине и данас постоје (поделио је гимназију на друштвени и природни смер). Године 1875. Новаковић се вратио у Велику школу да предаје светску и српску књижевност и словенску филологију. Новаковић је као филолог, историчар и библиограф, оставио веома дубок траг у српској науци. Премда није, као већина његових савременика из света науке и политике, био школован у иностранству, Новаковић је био научник светске репутације, цењен као историчар у Бечу, Минхену, Берлину и Паризу. Један од предводника критичке школе српске историографије, Новаковић се наметнуо као водећи српски иторичар серијом значајних историјских дела, која покривају широк временски распон од средњег века па до историје Првог српског устанка.
Приликом оснивања Српске краљевске академије 1886. изабран је за једног од првих 16 редовних чланова — академика, у одељењу филозофских наука. Указом је постављен (1. фебруар 1906) за председника Академије и на том положају је остао све до смрти. Дана 10. септембра 1888. на свечаном скупу у славу стогодишњице Вука Караџића Стојан Новаковић поднео је уводни реферат о задацима Академије у неговању српског језика и износи научно утемељен и стручно образложен предлог за израду великог националног речника савременог српског језика. Био је члан Руске академије наука и Југославенске академије знаности и умјетности у Загребу.
Припадао је младоконзервативцима који ће прерасти 1880. у Напредну странку, коју је Новаковић основао заједно са Милутином Гарашанином, Миланом Пироћанцем, Чедомиљем Мијатовићем и Миланом Ђ. Милићевићем. Вишеструки министар и посланик, Новаковић се залагао за ред, рад и поредак, и просвећене реформе, спроведене радом елите, а уз ослонац на Круну. Дипломатску каријеру започео је првом мисијом у Цариграду која је трајала седам година (од 1885. до 1892). По повратку је постао председник Државног савета да би, након три године, 1895—1896. постао председник једне од дуговечнијих дванаест влада за време владавине краља Александра Обреновића. Пад Владе поново одводи Новаковића у дипломатију, посланик је у Цариграду до 1900, затим краткотрајно у Паризу, па до 1905. у Петрограду где је и пензионисан. То је, ипак, био крај само дипломатске каријере Новаковићеве. По повратку у земљу, Новаковић је један од обновитеља Напредне странке која је добила име Српска напредна странка. У време Анексионе кризе 1909. Новаковић је изабран, упрокс малом утицају своје странке, за председника концентрационе владе. Концентрациона влада трајала је до окончања Анексионе кризе, али је Новаковић остао један од најугледнијих политичара све до своје смрти.
Библиотекарско друштво Србије установило је 1997. године, годишњу награду „Стојан Новаковић“. Године 2004, под истим именом је установљена награда за најбоље основношколске и средњошколске уџбенике у Србији.